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蛋白定量iTRAQ信息分析全新升级

  • 采用自主研发蛋白定量分析软件IQuant,鉴定定量性能提升30%
  • 蛋白质组与转录组关联分析全新升级,首次实现功能层面关联突破
  • 国内首推基于自主研发分析软件sapFinder的变异和新转录本蛋白验证分析技术,完美解决基因组、转录组变异(SNP/Indel/AS)和新转录本数据的验证问题

产品概述

定量蛋白质组学(Quantitative Proteomics)是对两个或多个样本中的蛋白表达谱进行鉴定及表达差异分析,并通过全面的生物信息分析对所得数据进行整合,获得相关蛋白质的功能信息和差异表达情况,进而揭示生物体内生理和病理状态的进程和本质、对外界环境刺激的反应途径、以及细胞调控机制等。

iTRAQ(isobaric tags for relative and absolute quantitation)是由AB SCIEX公司研发的一种体外同重同位素标记的相对绝对定量技术。该技术利用多种同位素试剂标记氨基酸氮末端或赖氨酸侧链基团,经高精度质谱仪串联分析,可同时比较多达8种样品之间的蛋白表达量。

详细介绍:http://www.bgitechsolutions.com/products/cat-269-275.html

蛋白定量iTRAQ信息分析全新升级

类型 内容 升级前 升级后
标准信息分析——蛋白质鉴定与定量 蛋白质鉴定与定量 Mascot IQuant (自主研发软件,鉴定数量可提升30%)
高级信息分析——转录组与蛋白质组表达量关联 定量层面关联
功能层面关联
  1. GO关联
  2. Pathway关联
  3. Pathway整合图
高级信息分析——变异与新转录本蛋白验证分析 (仅适用于人、小鼠、大鼠) SNP/SNV
InDel
可变剪接 ✔(仅适用于转录组数据)
新转录本 ✔(仅适用于转录组数据)

一、采用自主研发蛋白定量分析软件IQuant,鉴定定量性能提升30%

自主研发蛋白定量分析软件——IQuant,提高蛋白鉴定数的同时提升蛋白定量的准确性,可获得更多可信度高的差异蛋白。

相关软件:Wen B, Zhou R, et al. IQuant: an automated pipeline for quantitative proteomics based upon isobaric tags. Proteomics. 
2014 Oct; 14(20): 2280-5

IQuant效果展示:

图1 IQuant与其他定量软件(ProteinPilot、IsobariQ)定量相关性非常好,且能筛选更多差异蛋白。

二、蛋白质组与转录组关联分析全新升级,首次实现功能层面关联突破

全面探究生物体疾病机理、环境应激机制,精准描绘关键基因的表达模式,同步检测mRNA和蛋白质的表达量并进行联合分析已成为当前组学研究的必然趋势。 技术路线:


图2 研究流程图

注:适用关联分析的数据类型
升级后的分析流程对数据源兼容性更强,可用于分析以下技术得到的表达量数据:
蛋白组:iTRAQ蛋白定量、label-free蛋白定量、双向电泳蛋白定量
转录组:transcriptome-resequencing、RNA-Seq、DGE、Microarray、RT-PCR
* 推广期主要推荐利用iTRAQ蛋白定量技术和转录组技术得到的表达量数据开展关联分析,其他类型表达量数据均可尝试)

部分关联结果展示:

图3 从代谢通路水平直观考察蛋白组和转录组的表达数据,关键调控基因一览无余。

详细介绍:http://www.bgitechsolutions.com/market/cat-339-339-1309.html

三、变异和新转录本蛋白验证分析,完美解决基因组、转录组变异(SNP/Indel/AS)和新转录本数据的验证问题

近年来基于高通量测序技术的基因组或转录组研究可以发现大量SNP、新转录本、可变剪切(AS),这些新发现与疾病的发生发展密切相关。华大基因国内首推基于自主研发分析软件sapFinder的分析流程——一套工具可在蛋白层面检测SNP、InDel、可变剪接、新转录本,充分利用前期基因组、转录组水平的研究结果进行多组学联合分析,有助于发现新的分子标记。
相关软件: Wen B, Xu S, et al. sapFinder: an R/Bioconductor package for detection of variant peptides in shotgun proteomics. Bioinformatics. 2014 Nov 1; 30(21): 3136-8

技术路线


图4 研究流程图

注:

  1. 该分析方法目前仅限应用于人、小鼠、大鼠
  2. 适用数据类型
    基因组:全基因组重测序、外显子
    转录组:转录组resequencing
    蛋白质组:iTRAQ蛋白定量

部分结果展示:


图5 结构变异与新转录本鉴定结果统计

详细介绍:http://www.bgitechsolutions.com/market/cat-339-339-1259.html

蛋白定量一站式解决方案

  • 完备的蛋白定量iTRAQ技术,助力差异蛋白的发现
  • 配套的靶向蛋白定量MRM技术,实现生物标志物的高度验证

产品概述

定量蛋白质组学(Quantitative Proteomics)是对两个或多个样本中的蛋白表达谱进行鉴定及表达差异分析。定量蛋白质组学研究发现阶段,科学家们通常采用蛋白定量iTRAQ技术,可以获得很多与功能相关的差异表达蛋白,但是为了达到结果验证、假阳性排除、以及寻找潜在生物标志物等目的,还需要进行更为精确的靶向目标蛋白定量研究。传统的靶向目标蛋白定量研究一般采用Western Blot,ELISA等,这些技术在通量和特异性方面都存在局限性。多反应监测(MRM,Multiple Reaction)技术的出现,成功解决了传统抗体技术的缺陷,可一次性精确测定多种目标蛋白。

华大质谱平台整合技术资源,将蛋白定量iTRAQ技术与靶向蛋白定量MRM技术完美结合,提供从发现生物体差异表达蛋白,到靶向定量目标蛋白质,从而寻找生物标志物的一站式解决方案。

一站式解决方案:


图1 蛋白定量一站式(iTRAQ+MRM)解决方案

技术路线:


图2 蛋白定量一站式(iTRAQ+MRM)解决方案技术路线【1】

案例分析:

案例1 癌症方面寻找biomarkers

Discovery of colorectal cancer biomarker candidates by membrane proteomic analysis and subsequent verification using selected reaction monitoring (SRM) and tissue microarray (TMA) analysis. Kume H, Muraoka S, Kuga T, et al. Mol Cell Proteomics. 2014 Jun

案例2 植物发育过程中蛋白质组变化——华大发表

Stress responsive proteins are actively regulated during rice (Oryza sativa) embryogenesis as indicated by quantitative proteomics analysis.
Zi J, Zhang J, Wang Q, et al. PLoS One. 2013 Sep 18

取样方式:

水稻胚乳发育5个时期取样

方法:

参考文献:

【1】Proteomic studies of urinary biomarkers for prostate, bladder and kidney cancers. Wood SL, Knowles MA, Thompson D, Selby PJ, Banks RE. Nat Rev Urol. 2013 Apr;10(4):206-18.

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