常见问题

客户服务FAQ

Q1、BGISEQ-500的测序原理?

A1:BGISEQ-500采用优化的联合探针锚定聚合技术(cPAS)和改进的DNA纳米球(DNB)核心测序技术,是行业领先的高通量测序平台之一。具体而言,首先DNA分子锚和荧光探针在纳米球上进行聚合,随后高分辨率成像系统对光信号进行采集,光信号经过数字化处理后即可获得待测序列。其中,DNB通过线性扩增增强信号,降低单拷贝的错误率。而且,DNB大小与芯片上活性位点的大小相匹配,每个位点结合一个DNA纳米球,在保证测序精度的情况下提高了测序芯片的利用效率。

Q2、BGISEQ-500的参数?
操作环境 控制电脑配置 电源
环境温度:19℃-22℃ CPU:Intel Xeon E5 10Core*2 2.3GHz 电源种类:200-240VAC,50/60Hz
相对湿度:35%RH~80%RH,无冷凝 内存:128GB RAM 额定功耗:1200VA
气压范围:80kPa~106kPa 硬盘:12TB 净重:200kg
尺寸:长1228mm,宽734mm,高723mm 操作系统:Windows7(64位版本)
Q3、BGISEQ-500通过了哪些资质?

A3:CFDA正在申报中,CE也正在申报中,会尽快完成。

Q4、BGISEQ-500是华大自主研发的吗?

A4:是的。

Q5、BGISEQ-500的测序通量是多大?

适配芯片 有效信号点 读长* 数据产量 适用情景 运行时间 数据质量**
FCL芯片 16亿 SE50
SE100
PE50
PE100
40~200Gb 2个
个人基因组测序
最快24小时内
从样本处理到
测序分析的全过程
>85% 高于Q30
FCS芯片 3亿 8~40Gb 2个
临床外显子快速检测

Q6、BGISEQ-500下机的数据时什么格式?

A6:fastq文件格式

Q7、产出数据能和其他测序平台的数据(如Hiseq,Proton)一起分析吗?

A7:理论上可以,但由于平台间差异不建议一起分析。可以在一个项目中使用BGISEQ-500及其他平台的数据,但不建议将数据混合使用。

Q8、有没有通用的信息分析软件?

A8:主流的NGS分析软件均可通用,如soap、bwa、GATK等。

Q9、BGISEQ-500进行市场定位的主要客户群包括哪些?

A9:BGISEQ-500的市场定位包括了科研领域和临床应用两个市场。

Q10、BGISEQ-500的适用范围?


Q11、BGISEQ-500这款仪器如何购买?怎么收费?

A11:BGISEQ-500采用在线订购的形式,登录BGISEQ-500官网(http://www.seq500.com/),填写订购信息,信息提交成功后,技术平台会对订购信息进行评估,并在15-20个工作日内与客户取得联系。

Q12、这款仪器是否为开放系统,是否有配套的软件、试剂等提供?售后保障如何?

A12:BGISEQ-500 会有配套软件和耗材。中国地区已建立了专业的售后团队。

Q13、BGISEQ-500的生产基地是在哪里?

A13:生产基地是在中国深圳。

Q14、这款仪器有现货吗?

A14:签订合同下定单后,仪器交付前,会有段交付期。如果有紧急需求,请先告知期望的交付时间,华大会尽快反馈可供货的时间,尽量满足需求。

Q15、对购买者有什么要求?(比如需要哪些资质等)

A15:对购买者暂无要求。 但需购买者明确测序仪是用在科研方面,还是医学临床方面。

Q16、与Hiseq平台的区别是什么?优势在哪里?

A16:需要考虑具体的机型和开展的应用项目,请提供考虑读长,通量,应用等信息,我们好请专业的技术团队为你分析。

技术优势:采用联合探针锚定聚合技术(cPAS)和DNA纳米球(DNB),保证高通量的测序;2)结构优势:配备双芯片平台,支持全面的、灵活的测序应用;3)操作简易、运行速度快,支持一键测序等功能;4)一站式操作,配备上下游自动化设备;5)经济优势:价格合理,自主可控;6)服务优势:标准的SOP;具体问题具体分析;响应速度更快、对症下药更及时。

Q17、是不是把样品如血液放到仪器上,就会自动出来检测报告?

A17:BGISEQ-500测序需要三个阶段完成:样品制备,样品加载,测序分析。

样品制备时:在全自动样品制备系统中,从最初的样本(血液,血浆,或组织样本),完成DNA提取,打断,末端修复,加接头,单链分离,环化,形成 DNB,直到若干DNB生成。

在样品加载阶段:亦即将上一阶段生成的DNB经过特定的装载技术固定在阵列化的硅片上。在这一阶段,我们所配备的全自动样品加载系统BGIDL-50,代替人工手动操作将DNB自动加载至测序芯片上。

测序分析:在完成之前的样品制备与加载等一系列预处理工作后,将测序芯片放入测序仪进行测序。在测序结束后,根据不同的测序应用需求,利用相应的高性能应用分析软件即可生成标准化/定制化的专业分析报告。

Q18、是不是购买了这款仪器,就可以做基因检测了?

A18:还需要购买配套的测序试剂和建库试剂;测序仪场地,即实验室环境;如果新建实验室,还有配套的实验室器械和耗材需要采购;同时还需要安排专业的技术人员。

Q19、这款仪器招代理吗?想代理BGISEQ-500(当地医院有需求构建实验室)

A19:根据终端用户的需求,考虑是否选择渠道商。请留下贵公司的联系方式,如有合作的可能,我们会主动与你联系。

BGISEQ-500 Small RNA产品FAQ

Q1、BGISEQ-500平台的Small RNA测序周期是多少?

A1:上机测序最快3天(不含等机器、凑run凑lane 等待时间)。

Q2、BGISEQ-500 Small RNA产品优势是什么?

A2:BGISEQ-500 Small RNA产品具有如下优势:
1)性价比优:等量价更低;
2)兼容性强:提供Fastq数据文件,自主分析无忧;
3)重复性好:建库、测序技术重复性高;
4)平台间已知miRNA鉴定一致率高。

Q3、BGISEQ-500 Small RNA适用物种范围?

A3:所有真核物种样品(除血清血浆样本)。

Q4、BGISEQ-500 Small RNA可接受的样本类型?

A4:组织样本:人鼠(除血清血浆样本)、动植物、真菌组织样本; Total RNA :人鼠、动植物、真菌total RNA。

Q5、有没有项目的样品起始数量要求?

A5:由于BGISEQ-500平台测序更加灵活,更容易凑run上机,没有样品起始数量要求,一个样品起即可送样。

Q6、样品最低建库起始量?

A6:1ug。

Q7、测序策略是什么?

A7:SE50

Q8、数据下机格式?

A8:Fastq数据文件。

Q9、推荐多少数据量?能否接不同数据量的项目?

A9:推荐20M clean reads/样品。

Q10、信息分析内容是否与HiSeq平台相同?

A10:信息分析内容相同。

Q11、合同执行周期多久?

A11:30个工作日(样本数≤32个)。大项目建库周期需适当延长,需单独评估沟通。

Q12、项目执行地?

A12:国内样品寄送至武汉样品中心,由武汉样品提取与检测组完成提取检测任务。

Q13、BGISEQ-500平台的Small RNA测试结果如何?

A13:BGISEQ-500平台的测试结果如下:
1)建库和测序重复性相关性系数均>0.9
2)>90%鉴定到的已知miRNA与HiSeq平台一致
3)小片段分布符合动植物miRNA特有分布特点。

BGISEQ-500 RNA-Seq产品FAQ

Q1、BGISEQ-500测序仪简介?

A1:BGISEQ-500基因测序仪是华大基因自主研发的首款桌面型、高通量测序系统BGISEQ-500科研专用系列,专为科研应用优化。具有如下优势:数据质量精准、测序流程精简、专为科研应用优化、华大基因测序实力支持。

Q2、BGISEQ-500平台的通量是怎样的?

A2:每台仪器有2 slide/run, 2 lane/slide;每个lane 可以完成16个RNA-Seq(20M clean reads);一个run可以安排1-2张slides。所以该平台更灵活,更容易凑run上机,缩短等待时间。

Q3、BGISEQ-500平台的测序周期是多少?

A3:上机测序最快3天(不含等机器、凑run凑lane等待时间)。

Q4、BGISEQ-500 RNA-Seq产品优势是什么?

A4:BGISEQ-500 RNA-Seq产品具有如下优势:
1)高性价比:极具竞争力的价格;
2)快速:交付快至25个工作日;
3)准确:定量结果与qPCR相关性系数达到0.87以上;
4)低门槛:人鼠样本起始量低至200ng起;
5)强兼容:提供Fastq数据文件,自主分析无忧;
6)简单:结题报告文章化,使用更方便;
7)更全信息分析:最新版的KEGG数据库、基因共表达网络分析、PCA支持分组画法、条件特异表达分析等。

Q5、BGISEQ-500 RNA-Seq适用物种范围?

A5:不限物种,真核和原核都适用。

Q6、测序策略是什么?

A6:SE50。

Q7、推荐多少数据量?能否接不同数据量的项目?

A7:BGISEQ-500 RNA-Seq推荐20M clean reads/样品。

Q8、合同周期多久?

A8:25个工作日(样本数≤32个)。大项目建库周期需适当延长,需单独评估沟通。

BGISEQ-500 ChIP-Seq产品FAQ

Q1、BGISEQ-500平台的测序原理是什么?

A1:BGISEQ-500采用优化的联合探针锚定聚合技术(cPAS)和改进的DNA纳米球(DNB)核心测序技术,是行业领先的高通量测序平台之一。具体而言,首先DNA分子锚和荧光探针在纳米球上进行聚合,随后高分辨率成像系统对光信号进行采集,光信号经过数字化处理后即可获得待测序列。其中,DNB通过线性扩增增强信号,降低单拷贝的错误率。此外,DNB大小与芯片上活性位点的大小相匹配,每个位点结合一个DNA纳米球,在保证测序精度的情况下提高了测序芯片的利用效率。

Q2、BGISEQ-500平台通量如何?

A2:每台仪器有2 slide/run, 2 lane/slide;每个lane 可以完成16个ChIP-Seq(20M clean reads);一个run可以安排1-2张slides。所以该平台更灵活,更容易凑run上机,缩短等待时间。

Q3、BGISEQ-500 ChIP-Seq产品优势是什么?

A3:具有以下优势:
1)准确性高:高深度Peaks与HiSeq平台一致性高达到100%;
2)起始量低:样品起始量低至5ng;
3)周期更短:交付快至25个工作日;
4)性价比高:相同的测序质量,价格更优惠;
5)关联分析:ChIP-Seq与RNA-Seq差异表达基因(DEGs)关联分析。

Q4、建库流程是如何的,有什么优势?

A4:建库流程如下:
1)质量合格的基因组 DNA 样品通过超声波高性能样品处理系统(Covaris)随机打断,经过片段选择后得到 150bp-250bp 左右的片段 2)随后进行 DNA 片段末端修复,3’端加上“A”碱基,两端加上文库接头。接头连接后的文库进行线性扩增(LM-PCR)制备成杂交文库。 3)杂交文库与外显子芯片进行捕获富集,洗脱掉未富集的片段后进行扩增。 4)扩增产物进行单链分离和环化处理,环化文库经过滚环复制(rolling circle amplification,RCA)生成 DNA 纳米球(DNA Nano Ball,DNB),质控合格后即可上机测序。

Q5、测序策略是什么?

A5:SE50

Q6、ChIP-Seq的对照中input和IgG有什么不同吗?

A6:Input对照: 在进行免疫沉淀前,需要取一部分断裂后的染色质做Input对照。Input是断裂后的基因组DNA,不加抗体做富集,但是需要与沉淀后的样品DNA一起经过逆转交联,DNA纯化,以及最后的PCR或其他方法检测。Input对照不仅可以验证染色质断裂的效果,还可以根据Input中的靶序列的含量以及染色质沉淀中的靶序列的含量,按照取样比例换算出ChIP的效率,所以Input对照是ChIP实验必不可少的步骤。

阴性对照: 用普通的IgG做为抗体(目的蛋白抗体宿主的IgG或血清)。理论上不会ChIP下来任何DNA片段,因此作为阴性对照,但是由于非特异结合,或者实验过程中,没发生结合的DNA清除不完全,可能也会出现条带,如果非常明显,那就证明实验过程有待改进。

Q7、推荐多少数据量?能否接不同数据量的项目?

A7:BGISEQ-500 ChIP-Seq推荐20M clean reads/样本,其他类型数据量也可提供。

Q8、信息分析内容是否与HiSeq平台相同? 较之前有哪些升级?

A8:信息分析内容相同。
升级点:RNA-Seq联合分析 升级内容:
1)Chip-Seq相关基因的表观修饰值与mRNA表达量的统计;
2)不同的gene分类中,表观修饰值的整体分布;
3)不同的gene分类中,表观修饰值与mRNA表达量的整体联系;
4)一对样本间,表观修饰量的比值和mRNA表达量比值的关系;
5)基于表观修饰值和mRNA表达量的聚类分析;
6)mRNA表达量有差异的基因上,其表观修饰值的差异计算;
7)同时存在表观修饰值差异和mRNA表达量差异的gene的注释(GO、Pathway),与相关的功能挖掘与验证。

Q9、执行周期和执行地?

A9:执行周期为25个工作日,样本数≤32个,样本数<8或样本数>32,可能存在凑Run等待问题,需与评估沟通具体周期。项目执行地为武汉华大,国内样品寄送至武汉样品中心,由武汉样品提取与检测组完成提取检测任务。国际样品寄送至香港样品中心,由香港交付中心样品提取与检测组进行提取和检测后,转移至武汉样品中心。国内和国际样品均在武汉完成建库和测序。

Q10、N-ChIP和X-ChIP的区别是什么?

A10:N-ChIP基于核酸内切酶MNase酶切,切割核小体且作用温和,较适用于组蛋白修饰研究;X-ChIP基于甲醛固定,超声打断,适用于大多数蛋白-DNA相互作用研究。

Q11、样品制备过程是否需要PCR扩增?PCR扩增后是否会影响最后的结果?

A11:基于第二代测序平台的ChIP-Seq在样品制备过程中需要进行PCR,但是只需要非常少的反应次数,由于PCR引起的偏向性非常小。另外,在测序结果出来后,针对reads的比对结果,通过信息分析手段可以去除duplication的影响。我们的所有信息分析结果都是在去除duplication之后进行生物学意义挖掘的。根据我们的经验,如果您送的样品是直接ChIP富集的DNA,在我们的样品制备后出现duplication的reads比例不会超过全部reads产量的5%。如果您送的样品在ChIP富集后有做过PCR扩增,那么这一步的PCR对结果的duplication影响非常严重。

Q12、哪些因素会影响ChIP-Seq的结果?

A12:抗体的质量与特异性、需要富集的目标区域在基因组上的比例、ChIP的实验操作、DNA片段长度范围等都会影响ChIP-Seq的结果。

Q13、如果客户自己富集的样品浓度过低,需要将细胞系或组织样品送到华大进行富集实验时,客户需要提供哪些信息?

A13:客户首先要把抗体送到华大进行评估,同时提供抗体信息:抗体公司(要求ChIP级抗体),货号,产品说明书;抗体评估通过后,老师需要提供细胞系和验证引物给华大进行富集实验。

Q14、推荐多少数据量?

A14:不同文库类型的预期密度,与该文库类型的碱基平衡情况,建库方法等都有密切关系。由于ChIP-Seq是区域免疫沉淀,所以本身是有一定的偏向性的,所以ChIP-Seq的产量,是不如RNA-Seq这种文库类型的碱基分布好的。所以他们的产量是有一定差距的。

Q15、BGISEQ-500和Hiseq4000测得的ChIP-Seq数据兼容吗?可否放在一起分析?

A15:这两个数据兼容可以一起分析。

WES 产品FAQ

Q1、BGISEQ-500 全外显子测序(WES)产品优势是什么?

A1:具有以下优势:
1)准确性高: 检查精确度和灵敏度高达99%
2)覆盖均一: 20X覆盖度大于95%
3)周期更短:短至1天的信息分析
4)性价比高:促销价1999元起
5)一致性好:和Hiseq平台的一致性大于95%

Q2、BGISEQ-500平台外显子的测序质量如何?

A2:我们同时测试了多个标准品和商业样品,Q20大于90%,Q30大于80%。

Q3、推荐多少数据量?能否接不同数据量的项目?

A3:BGISEQ-500 WES推荐≥100x/样本,其他类型数据量也可提供。

Q4、对样本起始量有没有要求?

A4:建库起始量为5ng,建议ChIP-ed DNA≥ 20ng,低于5ng也可以做,之前有做过无浓度样本成功的案例,但这类项目只能客户自己承担建库风险。也可送细胞样品,如果客户送的是细胞样品,且富集实验走定制化评估流程

滚环扩增技术RCA的模板始终是同段序列,扩增错误不会累积,与PCR指数扩增相比有保真优势。

Q5、外显子测序产品的适用范围有哪些呢?

A5:外显子测序产品是直接对蛋白编码区域测序,具有高效、省力的优点。结合大量的公共数据库提供的外显子人群数据库,有利于更好地排除无害突变及解释变异信息之间的关联和致病机理。适合研究癌症发生和发展/复发和转移、预后等用于挖掘体细胞突变和亚克隆识别;适合研究罕见病、复杂疾病、孟德尔疾病等用于挖掘致病突变、易感基因;适合肿瘤、生殖与遗传健康、继承条件、HLA等转化和临床研究。是最受大家欢迎、喜爱的产品之一。